模板商城小程序和定制商城小程序的主要差别体现在以下几个方面：

开发方式与周期：模板商城小程序是基于已经开发好的成品进行修改，因此开发周期短，能够快速上线。而定制商城小程序则是从零开始，根据商家的具体需求进行定制开发，因此开发周期相对较长。

成本：模板商城小程序的价格通常较低，因为开发工作量小，且后期升级可能也是免费的。而定制商城小程序则因需要专门的开发团队根据商家的具体需求进行开发，工作量大，价格也会相应较高。

功能和定制性：模板商城小程序虽然提供了基础的功能和模块，但对于商家有特别的功能需求或者想要进行深度的个性化定制，可能无法满足。而定制商城小程序则可以根据商家的具体需求进行开发，无论是功能、展示还是使用体验，都可以进行深度的定制和优化。

版权与后期维护：模板商城小程序的源码通常属于开发平台，商家不能进行修改。后期如果需要进行功能上的调整或变动，可能需要再次依赖开发商进行处理。而定制商城小程序则可以让商家拥有完整的源码所属权，数据可以由商家自己控制，后期维护也更加灵活。

用户体验与转化效果：由于定制商城小程序在功能和体验上更贴近商家的实际需求和品牌形象，因此往往能够更好地吸引和留住用户，提高转化率。而模板商城小程序由于功能和体验上的限制，可能无法完全满足商家的需求，导致用户体验不佳，转化效果也会受到影响。

综上所述，模板商城小程序和定制商城小程序在开发方式、成本、功能和定制性、版权与后期维护以及用户体验与转化效果等方面都存在显著的差别。商家在选择时需要根据自身的需求和预算进行权衡和选择。